Bonsoir,
En regardant les
sujets qui vous intéressent plus particulièrement sur mon blog, j'ai vu que la
présentation sur la recherche bibliographique était souvent consultée.
Pourtant, cette présentation doit être peu compréhensible si l'internaute n'a pas
d'indications sur le fil conducteur qui la guide.
Pour mieux répondre à
votre attente, j'ai donc modifié cette présentation et vous donne le fil conducteur qui
a guidé celle-ci.
Voici le lien pour
la charger :
http://www.mediafire.com/view/gql3je6wvv6xfll/recherche%20bibliographique%2018%20dec%202013-2014.ppt
Le but de cette
présentation (diapositive 1) est de vous apprendre à faire une recherche
bibliographique … et vous donner par la même quelques éléments qui vous
aideront dans le futur à choisir un laboratoire d'accueil. La seconde diapositive destinée aux étudiants de
l'université Paris Descartes leur rappelle le chemin pour accéder aux cours du
Master 1 santé-parcours infectiologie-immunologie.
La
troisième diapositive ne vous est pas utile puisqu'elle donne
le chemin pour accéder à mon blog... Or vous avez déjà trouvé ce chemin puisque
vous êtes en train de lire ces lignes !
La
quatrième diapositive vous donne les livres que je consulte
avec mon livre préféré qui apparaît dans la cinquième
diapositive.
Les
diapositives six à neuf vous donnent d’autres
livres, journaux scientifiques ou sites Internet que j’utilise pour faire mes
cours. Mais venons-en au sujet principal de cette présentation : comment faire sa bibliographie sur un
sujet donné ? Pour vous apprendre une façon de faire une biographie (il
y en a bien évidemment beaucoup d'autres) avec quelques petites astuces et
quelques solutions, je vais illustrer cet enseignement en prenant un exemple
qui va me servir de fil conducteur. Cet exemple est illustré par la diapositive 10 qui présente les cellules T
auxiliaires 17 (Th17). Depuis deux ans, je m'intéresse à ces cellules et nous
allons supposer aujourd'hui que nous voulons, vous et moi, faire une
bibliographie sur ce sujet.
Voici comment vous
allez procéder :
Première étape : la sélection d'une revue générale
La première étape consiste
à aller sur la base de données bibliographiques en ligne de l'institut
américain de la santé (NIH), base dénommée PubMed,
en utilisant le lien suivant :
Vous faites ensuite
votre recherche en utilisant le mot : Th17
La diapositive 11 vous montre
qu'au début de l'année 1012, il y avait 3390 articles scientifiques sur le
sujet « Th17 » alors qu'au début de l'année 2013, il y en avait 4683
articles (diapositive 12). Plus de 1000
articles en un an, ceci montre que le sujet est d'importance.
J'ai actualisé ces
données le 11 décembre 2013 en utilisant un iPad. Bien entendu, vous pouvez
faire la même recherche bibliographique en utilisant un ordinateur PC et pour
bien vous montrer que je ne prends pas parti entre les adeptes du PC et les amoureux
d'Apple, j'utilise à la fois un ordinateur PC (il me sert actuellement à vous
dicter ce texte avec le logiciel « Dragon
Naturally Speaking ») ET une
tablette iPad avec laquelle j'ai fait
toute la recherche bibliographique qui nous intéresse aujourd'hui.
Revenons donc à cette
recherche et la diapositive 13 vous montre que,
le 11 décembre 2013, il y avait avec le mot-clé « Th17 », 6023
articles dans la base de données PubMed
soit près de 1500 nouveaux articles au cours de l'année 2013. Whaoo, le sujet
est « chaud » pourrait-on dire en langage familier.
Qu'allez-vous donc
lire parmi ces 6023 articles pour explorer le sujet « Th17 ». Le plus
simple est de commencer par lire une bonne revue générale et la base de données
PubMed vous donne la liste de ces
revues générales en cliquant sur « Review ». PubMed
vous indique qu'il y a 1076 « reviews ». Vous allez alors regarder
les titres de ces « reviews » et choisir dans un premier temps un
titre qui vous interpelle. Pour ma part, j'ai choisi de regarder
une « review » intitulée « Emerging
new roles of Th17 cells ».
La
diapositive 14 montre le chemin à suivre pour avoir
accès aux revues en ligne accessibles pour les étudiants de l'université Paris
Descartes . En suivant ce chemin, vous accédez à la revue « European Journal of immunology » puis à toutes les « issues » de cette revue pour arriver au
numéro de septembre 2012 et à l’article qui nous intéresse (diapositive 15). Pour les étudiants de Paris
Descartes, il vous faudra entrer votre identifiant et votre mot de passe lorsque
ceux-ci vous seront demandés. Si vous n'êtes pas étudiants à l’université Paris
Descartes, rassurez-vous tout de suite, je vais vous indiquer plus tard comment
accéder librement à de nombreuses revues générales ou articles et notamment à la
revue que nous venons de sélectionner.
Deuxième étape : le classement de vos articles
Au cours de votre vie
professionnelle, vous devrez sans doute lire beaucoup d'articles et vous serez
rapidement confronté au problème de leur classement. Autrefois, je classais mes
articles dans des dossiers et la diapositive 16 est
une photo de la pièce qui me sert à archiver quelques-uns des 10 000
articles ou plus que j'ai fini par accumuler. Depuis 2010, j'ai totalement changé
de méthode puisque tous les articles que je lis sont maintenant dans mon iPad et
sont rangés dans des dossiers et des
sous-dossiers grâce au logiciel « GoodReader ». Ceci est illustré par la diapositive 17 qui est annotéé
« SOLUTION » car cette diapositive vous propose effectivement une
solution de rangement. Il y a certainement d'autres logiciels pour classer des
documents mais j'aime bien « GoodReader » car on peut notamment
surligner les passages les plus intéressants d’un l'article en allant même
jusqu'à choisir la couleur du
surlignage. La diapositive 18 vous montre les
dossiers puis le sous-dossier dans lequel j'ai rangé notre article. Il est
temps de lire celui-ci.
Bien qu'il soit
intéressant, ce premier article sélectionné ne me donne pas une vue complète du
domaine « Th17 » il va donc falloir trouver une autre revue générale. Avant
cela, je garde tout de même les coordonnées d’un des auteurs de l'article (diapositive 19). Pour le cas où vous voudriez contacter celui-ci, les coordonnées de
l'auteur principal, ce que les Anglo-Saxons appellent PI
pour « Principal Investigator », sont souvent données à la fin
d'un article.
Troisième étape : à la recherche d'une autre revue
générale
Pour compléter l'étude
du domaine choisi, il va nous falloir trouver une autre revue générale sur « Th17 »et donc
retourner dans la base de données PubMed
dans la rubrique « review » (diapositive
20). Je me suis arrêté sur l’article intitulé « Targeting IL-17 cells in chonic inflammation »
pour deux raisons : la première raison est que cet article est publié dans
« Nature Reviews Drug Discovery » et
je sais qu'il s'agit d'un excellent journal scientifique. Pas d'impatience,
dans quelques minutes vous saurez comment juger de la qualité d'un journal
scientifique. La seconde raison, un peu « chauvine » je l'admets, est
que l'auteur de cet article est un médecin français de renommée internationale.
Pour trouver cet article, j'ai utilisé la base de données de l'Inserm (diapositives 21et 22), ce que vous pouvez faire si vous appartenez à une
unité Inserm et avez donc un identifiant et un mot passe pour accéder à cette
base de données. Cet article se trouve
aussi dans la base de données de l'université Paris Descartes. Si vous n'appartenez
ni à cette université ni à une unité
Inserm, cet article sera plus difficile à trouver. Ne vous inquiétez toujours
pas, il y a de nombreuses autres revues générales presque aussi intéressantes et
en accès libre. Après avoir rangé cet article dans un sous-dossier « GoodReader », je peux le lire (diapositive 23) et regarder un schéma (diapositive
24) que j'utiliserai pour un de mes cours (diapositives
25).
Cet article me permet aussi de souligner l'importance de la
bibliographie qui fait partie de tout article scientifique. Lorsque vous
écrivez un article, vous vous appuyez sur des informations précédemment
décrites. Il vous faut justifier ces informations en indiquant leur provenance
et reconnaître ainsi la contribution des auteurs à l'origine de ces
informations. Tout au long du texte d’un article, il y a des annotations (dans
le présent article, des chiffres) qui vous renvoient à des références
bibliographiques situées à la fin de l'article. C'est ce qui est illustré par la diapositive 26 où vous trouverez plusieurs pages de références
bibliographiques. C'est à partir de ces références bibliographiques que l'on
peut juger de la qualité d'un journal scientifique grâce à ce que l'on appelle le facteur d'impact (Impact factor)
d'un journal.
Quatrième étape : évaluer la qualité d'un journal
scientifique grâce à son facteur d'impact
Pour évaluer la
qualité d'un journal scientifique, on se base sur son facteur d'impact. Quel
est le principe de ce facteur d'impact ? Un bon journal scientifique va
publier a priori d'excellents articles. Ces articles seront alors très
probablement référencés dans la bibliographie d'autres journaux scientifiques
et le journal qui aura publié ces excellents articles aura un fort impact. A
l’inverse, un article publié dans un moins bon journal sera beaucoup moins
référencé dans les bibliographies d'autres articles et le moins bon journal
aura un faible impact. La diapositive 28 vous conduit sur un site qui a un double
mérite : celui de définir ce qu'est un impact factor et comment il se
calcule (diapositive 29) et celui de donner
les impact factors les plus récents (diapositive 30
et 31). Globalement, il faut avoir en tête que, en première
approximation :
Les Impact factors
compris entre 2 et 5 correspondent à de bons journaux,
Les Impact factors
compris entre 5 et 10 correspondent à de
très bons journaux,
Les Impact factors
supérieurs à 10 correspondent à des journaux de qualité exceptionnelle
Vous pouvez retrouver
ces impacts factors sur différents sites dont « impactfactor.weebly.com »
qui a le mérite de classifier les journaux par spécialité, par exemple
l'immunologie comme cela est illustré sur la
diapositive 32.
Cinquième étape : trouver des articles ou des revues
générales en accès libre
Aujourd'hui, un nombre
grandissant d'articles scientifiques ou de revues générales sont en accès
libre. Pour les trouver, il vous faut retourner sur PubMed et cocher la sous rubrique «Free
Full Text ». J'ai ainsi pu accéder à une revue qui concerne
toujours Th17 et plus particulièrement « Pathology
of asthma » comme cela est illustré par la
diapositive 33. Cet
article écrit par un groupe japonais contient un schéma intéressant (diapositive 34) qui m'a servi pour un de mes cours en anglais (diapositive 35) ou en français (diapositive 36).
Parmi ces revues en accès
libre, il y a toute la série de journaux scientifiques dénommés PLOS qui
n'existent qu'en version électronique et dont les facteurs d'impact augmentent progressivement
d'année en année. À titre d'exemple, je montre sur
la diapositive 37 un article issu PLOS one et la diapositive 38 vous donne
le facteur d'impact de ce journal. Parmi les autres journaux d'accès libre en
version uniquement électronique, il y a aussi tous les journaux de la série BMC pour
BioMed Central.
Toujours à titre d'exemple, je montre un article issu de BMC immunology (diapositive
39) alors que la diapositive 40 donne
le facteur d'impact de ce journal.
Sixième étape : choisir un article en fonction de la
qualité des scientifiques qui l'ont publié … Et peut-être choisir un
laboratoire d'accueil
A ce stade de ma
présentation, je tiens à nouveau à souligner que les indications que je vous
donne ne sont que des suggestions qui n'engagent que moi. Il y a de nombreux
critères pour juger de la qualité d'un scientifique ou d'un laboratoire et les
publications d'un laboratoire ne sont certainement pas le seul critère à retenir.
Parmi les autres critères, je n'en citerai qu’un seul mais d'importance :
la qualité des relations humaines à l'intérieur d’un laboratoire ou d'un groupe
scientifique. Aujourd'hui, nous nous concentrons sur les publications scientifiques
et nous n'utiliserons donc que ce critère pour juger de la qualité d'un
scientifique, de son groupe ou de son laboratoire.
Parmi les articles en
accès libre sur Th17, j'ai vu dans la base de données PubMed, toujours elle, un article qui m'a intéressé et qui est
intitulé « IL-1 and T helper immune
responses » (diapositive 41). Cet
article publié par un groupe italien de Florence va me servir d'exemple pour évaluer
grossièrement la qualité d'un groupe. Cette qualité doit beaucoup au chef de
laboratoire et il est donc intéressant
de se faire une idée sur le parcours scientifique de celui-ci. Dans un article,
le nom du chef de laboratoire ou du principal investigateur correspond le plus
souvent au nom du coauteur placé en dernier dans la liste des coauteurs. Dans
l'exemple de l'article choisi, il s'agit de Francesco
Annunziato. Je vais donc retourner sur PubMed avec cette fois-ci comme mot-clé « annunziato F ». Première information, ce
scientifique a publié 128 articles, ce qui est un bon score. Globalement, un
bon scientifique va publier au cours de sa carrière environ 100 à 200 articles.
Là, il faut être très prudent et savoir que ce n'est pas toujours le nombre
d'articles qui est important mais davantage leur qualité. À titre d'exemple,
lorsque Susumu Tonegawa a eu le prix Nobel de
médecine en 1987 à l'âge de 48 ans, il n’avait publié « que » 78
articles mais, à partir de 1978, plusieurs de ses articles ont été publiés dans
les revues les plus prestigieuses comme « Nature » (impact facteur supérieur à 30). Revenons
aux publications de Francesco Annunziato et
au-delà du nombre, vous savez maintenant juger de la qualité de ses
publications. En en parcourant la liste, vous verrez que celui-ci a publié dans
d'excellents journaux (diapositive 42 à 47). Petite
astuce que je vous donne. Lorsque j'examine les publications d'un chercheur,
j'essaie de me faire une idée sur l'âge de celui-ci et sur la longueur de sa
carrière. Pour cela, je vais regarder dans PubMed
le premier article publié par un auteur. Puisque PubMed classe ces articles par ordre chronologique décroissant, le
premier article publié est en fait le dernier de liste. Si l'on prend
toujours pour exempte la carrière de Francesco
Annunziato, celui-ci a publié son premier article en 1994 (diapositive 49). Si l'on considère qu'un
scientifique a une première publication vers 30 ans, Francesco Annunziato
devrait avoir aujourd'hui environ 49 ans. De façon intéressante, il faut
remarquer que Francesco Annunziato a publié son premier article dans « Science », ce qui est rare et exceptionnel
puisque ce journal a un impact facteur supérieur à 30 (diapositive
50). Généralement, un jeune scientifique commence sa carrière en publiant
dans des journaux avec un impact facteur beaucoup plus modeste. À titre de
comparaison, Susumu Tonegawa qui a pourtant eu
un prix Nobel très jeune a publié son premier article dans un journal avec un impact
facteur inférieur à 4. Pour en terminer avec l'exemple de Francesco Annunziato, on peut en conclure qu'il s'agit
d'un très bon groupe mené par un patron de laboratoire dynamique qui a toujours
une bonne production scientifique. Si vous vous aimez son domaine de recherche,
son laboratoire pourrait alors vous intéresser comme laboratoire d'accueil.
Peut-être avez-vous cependant une autre question : ce laboratoire appartient-il à une bonne université ? Encore
quelques minutes de patience et je vais vous apprendre comment évaluer la
qualité d'une université. Avant cela, je vais vous donner une autre astuce pour
aller directement aux articles les plus
importants sur un domaine donné. Pour connaître ces articles il vous suffit
d'utiliser le moteur de recherche « Google Scholar » (diapositive
51). Ce moteur de recherche classe les articles correspondants à un
domaine donné, par exemple « Th17 », non par ordre de publication
chronologique, comme le fait PubMed mais
en plaçant en premiers les articles les plus référencés pour aller ensuite par
ordre décroissant vers les articles les moins référencés. Pour le domaine
« Th17 », l'article placé en premier est « Reciprocal
developmental pathways for the generation of pathogenic effector Th17 and
regulatory T cells » cité 2465 fois jusqu'en 2012 (diapositive 51) et 3735 fois jusqu'en 2013 (diapositive 52). Cet article est présenté dans les diapositives 53 et 54. Il a été publié par des
équipes travaillant à l'université de l'Harvard. Autre avantage de ce moteur de
recherche « Google Scholar » ,
vous avez grâce à lui accès à de nombreux articles en cliquant sur la partie
droite de la fenêtre. Ainsi, vous pouvez trouver le texte de la première revue
générale que j'avais sélectionnée, « Emerging new
roles of Th17 cells », en plaçant directement ce titre dans le moteur de
recherche.
Puisque nous avons
évoqué précédemment l'université de Florence avec le groupe de Francesco Annunziato et ensuite l'université
d'Harvard, il est temps d'aborder une nouvelle étape : le classement des
universités.
Sixième étape : le classement des universités
Avoir le classement
des universités présente pour vous deux intérêts immédiats. Le premier est de
vous aider à juger de la qualité d'un article scientifique. Les meilleures
universités accueillent généralement les meilleurs groupes scientifiques qui
publient les meilleurs articles. L'appartenance des auteurs d'un article à une
bonne université est souvent une marque indirecte de la bonne qualité d'un
article. Par ailleurs, dans le choix d'un laboratoire d'accueil, vous avez tout
intérêt à aller dans un groupe qui publie de bons articles… Et qui travaille
dans une bonne université ! Un des classements des universités les plus
connus est le classement de Shanghai
et les diapositives 55 et 56 vous conduiront
à ce classement. Vous y découvrirez que l'université de l'Harvard est classée à
la première place alors que première université française est l'université
Pierre et Marie Curie (Paris VI ) classée en 37e position. L'université Paris Descartes
est classée entre la 151e et la 200e position alors que l'université de Florence
est classée entre la 201e et la 300e position. Un autre classement intéressant
est le classement britannique « time higher
education » (diapositive 57) et
ce site a même une application pour iPhone ou iPad. Enfin de, un autre classement,
celui de « top universities » (diapositive 58) a l'avantage de placer les
universités par spécialité, par exemple médecine ou pharmacie.
A l'arrivée de ce parcours…
Vous venez de
parcourir un long chemin avec plusieurs étapes. J'espère que ce parcours vous
aidera à faire une bonne bibliographie ou à choisir le bon
laboratoire d'accueil. Il est donc temps de conclure et je vais laisser
la parole à Suzumu Tonegawa (diapositive 60). Dans un article que je vous recommande
de lire et qui s'intitule «Taking risks to transform
science », Suzumu Tonegawa vous invite à
vous poser la question : Pourquoi
faites-vous de la science ? Pour lui, le but est de découvrir quelque
chose, de faire quelque chose d'important (diapositive
61).
Mon équipe de recherche a eu
le bonheur de réaliser de petites avancées scientifiques et surtout de transformer ces avancées
en des produits utiles aux patients, en l'occurrence des tests sanguins pour la
détection et la surveillance de cancers, pour le dépistage de la trisomie 21 ou
pour le diagnostic de septicémie. De ce fait, il m’est parfois demandé le
chemin que nous avons suivi pour aboutir à ces résultats. M’inspirant d'un
article de « Science » intitulé « An algorithm for discovery » (diapositive 62), je
donne un algorithme personnel où la
lecture a clairement sa place… encore faut-il lire de la meilleure façon,
c'est-à-dire :
Lire, mais pas trop… (diapositive 64)
Bien lire, ce qui veut dire lire les bons
articles publiés dans les bonnes revues par les bons scientifiques travaillant
dans les meilleures universités (diapositive 65)
Lire avec un esprit ouvert (diapositive 66)
Bonne lecture et, puisque
nous sommes le 19 décembre, je vous souhaite de passer d'excellentes fêtes de
fin d'année.
Dominique
Aucun commentaire:
Enregistrer un commentaire