jeudi 19 décembre 2013

Comment faire une bonne bibliographie ou choisir un excellent laboratoire d'accueil ? Cours 2013-2014 du M1 santé parcours infectiologie immunologie


Bonsoir,
En regardant les sujets qui vous intéressent plus particulièrement sur mon blog, j'ai vu que la présentation sur la recherche bibliographique était souvent consultée. Pourtant, cette présentation doit être peu compréhensible si l'internaute n'a pas d'indications sur le fil conducteur qui la guide.
Pour mieux répondre à votre attente, j'ai donc modifié cette présentation et vous donne le fil conducteur qui a guidé celle-ci.
Voici le lien pour la charger  :
Le but de cette présentation (diapositive 1) est de vous apprendre à faire une recherche bibliographique … et  vous donner par la même quelques éléments qui vous aideront dans le futur à choisir un laboratoire d'accueil. La seconde diapositive destinée aux étudiants de l'université Paris Descartes leur rappelle le chemin pour accéder aux cours du Master 1 santé-parcours infectiologie-immunologie.
La troisième diapositive ne vous est pas utile puisqu'elle donne le chemin pour accéder à mon blog... Or vous avez déjà trouvé ce chemin puisque vous êtes en train de lire ces lignes !
La quatrième diapositive vous donne les livres que je consulte avec mon livre préféré qui apparaît dans la cinquième diapositive.
Les diapositives six à neuf vous donnent d’autres livres, journaux scientifiques ou sites Internet que j’utilise pour faire mes cours. Mais venons-en au sujet principal de cette présentation : comment faire sa bibliographie sur un sujet donné ? Pour vous apprendre une façon de faire une biographie (il y en a bien évidemment beaucoup d'autres) avec quelques petites astuces et quelques solutions, je vais illustrer cet enseignement en prenant un exemple qui va me servir de fil conducteur. Cet exemple est illustré par la diapositive 10 qui présente les cellules T auxiliaires 17 (Th17). Depuis deux ans, je m'intéresse à ces cellules et nous allons supposer aujourd'hui que nous voulons, vous et moi, faire une bibliographie sur ce sujet.
Voici comment vous allez procéder :
Première étape : la sélection d'une revue générale
La première étape consiste à aller sur la base de données bibliographiques en ligne de l'institut américain de la santé (NIH), base dénommée PubMed, en utilisant le lien suivant :
Vous faites ensuite votre recherche en utilisant le mot : Th17
La  diapositive 11 vous montre qu'au début de l'année 1012, il y avait 3390 articles scientifiques sur le sujet « Th17 » alors qu'au début de l'année 2013, il y en avait 4683 articles (diapositive 12). Plus de 1000 articles en un an, ceci montre que le sujet est d'importance.
J'ai actualisé ces données le 11 décembre 2013 en utilisant un iPad. Bien entendu, vous pouvez faire la même recherche bibliographique en utilisant un ordinateur PC et pour bien vous montrer que je ne prends pas parti entre les adeptes du PC et les amoureux d'Apple, j'utilise à la fois un ordinateur PC (il me sert actuellement à vous dicter ce texte avec le logiciel « Dragon Naturally Speaking ») ET une tablette  iPad avec laquelle j'ai fait toute la recherche bibliographique qui nous intéresse aujourd'hui.
Revenons donc à cette recherche et la diapositive 13 vous montre que, le 11 décembre 2013, il y avait avec le mot-clé « Th17 », 6023 articles dans la base de données PubMed soit près de 1500 nouveaux articles au cours de l'année 2013. Whaoo, le sujet est « chaud » pourrait-on dire en langage familier.
Qu'allez-vous donc lire parmi ces 6023 articles pour explorer le sujet « Th17 ». Le plus simple est de commencer par lire une bonne revue générale et la base de données PubMed vous donne la liste de ces revues générales en cliquant sur « Review ».  PubMed vous indique qu'il y a 1076 « reviews ». Vous allez alors regarder les titres de ces « reviews » et choisir dans un premier temps un titre qui vous interpelle. Pour ma part, j'ai choisi de regarder une « review » intitulée « Emerging new roles of Th17 cells ».
La diapositive 14 montre le chemin à suivre pour avoir accès aux revues en ligne accessibles pour les étudiants de l'université Paris Descartes . En suivant ce chemin, vous accédez à la revue « European Journal of immunology »  puis à toutes les « issues » de cette revue pour arriver au numéro de septembre 2012 et à l’article qui nous intéresse (diapositive 15). Pour les étudiants de Paris Descartes, il vous faudra entrer votre identifiant et votre mot de passe lorsque ceux-ci vous seront demandés. Si vous n'êtes pas étudiants à l’université Paris Descartes, rassurez-vous tout de suite, je vais vous indiquer plus tard comment accéder librement à de nombreuses revues générales ou articles et notamment à la revue que nous venons de sélectionner.
Deuxième étape : le classement de vos articles
Au cours de votre vie professionnelle, vous devrez sans doute lire beaucoup d'articles et vous serez rapidement confronté au problème de leur classement. Autrefois, je classais mes articles dans des dossiers et la diapositive 16 est une photo de la pièce qui me sert à archiver quelques-uns des 10 000 articles ou plus que j'ai fini par accumuler. Depuis 2010, j'ai totalement changé de méthode puisque tous les articles que je lis sont maintenant dans mon iPad et sont rangés dans des dossiers et  des sous-dossiers grâce au  logiciel « GoodReader ». Ceci est illustré par la diapositive 17 qui est annotéé « SOLUTION » car cette diapositive vous propose effectivement une solution de rangement. Il y a certainement d'autres logiciels pour classer des documents mais j'aime bien « GoodReader » car on peut notamment surligner les passages les plus intéressants d’un l'article en allant même jusqu'à  choisir la couleur du surlignage. La diapositive 18 vous montre les dossiers puis le sous-dossier dans lequel j'ai rangé notre article. Il est temps de lire celui-ci.
Bien qu'il soit intéressant, ce premier article sélectionné ne me donne pas une vue complète du domaine « Th17 » il va donc falloir trouver une autre revue générale. Avant cela, je garde tout de même les coordonnées d’un des auteurs de l'article (diapositive 19). Pour le cas où vous voudriez  contacter celui-ci, les coordonnées de l'auteur principal, ce que les Anglo-Saxons appellent PI pour « Principal Investigator », sont souvent données à la fin d'un article.

Troisième étape : à la recherche d'une autre revue générale

Pour compléter l'étude du domaine choisi, il va nous falloir trouver une autre revue générale sur « Th17 »et donc retourner dans la base de données PubMed dans la rubrique « review » (diapositive 20). Je me suis arrêté sur l’article intitulé « Targeting IL-17 cells in chonic inflammation » pour deux raisons : la première raison est que cet article est publié dans « Nature Reviews Drug Discovery » et je sais qu'il s'agit d'un excellent journal scientifique. Pas d'impatience, dans quelques minutes vous saurez  comment juger de la qualité d'un journal scientifique. La seconde raison, un peu « chauvine » je l'admets, est que l'auteur de cet article est un médecin français de renommée internationale. Pour trouver cet article, j'ai utilisé  la base de données de l'Inserm (diapositives 21et 22), ce que vous pouvez faire si vous appartenez à une unité Inserm et avez donc un identifiant et un mot passe pour accéder à cette base de données. Cet article se trouve aussi dans la base de données de l'université Paris Descartes. Si vous n'appartenez  ni à cette université ni à une unité Inserm, cet article sera plus difficile à trouver. Ne vous inquiétez toujours pas, il y a de nombreuses autres revues générales presque aussi intéressantes et en accès libre. Après avoir rangé cet article dans un sous-dossier « GoodReader », je peux le lire (diapositive 23) et regarder un schéma (diapositive 24) que j'utiliserai pour un de mes cours (diapositives 25).
Cet article me permet aussi de souligner l'importance de la bibliographie qui fait partie de tout article scientifique. Lorsque vous écrivez un article, vous vous appuyez sur des informations précédemment décrites. Il vous faut justifier ces informations en indiquant leur provenance et reconnaître ainsi la contribution des auteurs à l'origine de ces informations. Tout au long du texte d’un article, il y a des annotations (dans le présent article, des chiffres) qui vous renvoient à des références bibliographiques situées à la fin de l'article. C'est ce qui est illustré par la diapositive 26 où vous trouverez  plusieurs pages de références bibliographiques. C'est à partir de ces références bibliographiques que l'on peut juger de la qualité d'un journal scientifique grâce à ce que l'on appelle le facteur d'impact (Impact factor) d'un journal.
Quatrième étape : évaluer la qualité d'un journal scientifique grâce à son facteur d'impact
Pour évaluer la qualité d'un journal scientifique, on se base sur son facteur d'impact. Quel est le principe de ce facteur d'impact ? Un bon journal scientifique va publier a priori d'excellents articles. Ces articles seront alors très probablement référencés dans la bibliographie d'autres journaux scientifiques et le journal qui aura publié ces excellents articles aura un fort impact. A l’inverse, un article publié dans un moins bon journal sera beaucoup moins référencé dans les bibliographies d'autres articles et le moins bon journal aura un faible impact. La diapositive 28  vous conduit sur un site qui a un double mérite : celui de définir ce qu'est un impact factor et comment il se calcule (diapositive 29) et celui de donner les impact factors les plus récents (diapositive 30 et 31). Globalement, il faut avoir en tête que, en première approximation :
Les Impact factors compris entre 2 et 5 correspondent à de bons journaux,
Les Impact factors compris entre 5 et 10 correspondent  à de très bons journaux,
Les Impact factors supérieurs à 10 correspondent à des journaux de qualité exceptionnelle
Vous pouvez retrouver ces impacts factors sur différents sites dont « impactfactor.weebly.com » qui a le mérite de classifier les journaux par spécialité, par exemple l'immunologie comme cela est illustré sur la diapositive 32.
Cinquième étape : trouver des articles ou des revues générales en accès libre
Aujourd'hui, un nombre grandissant d'articles scientifiques ou de revues générales sont en accès libre. Pour les trouver, il vous faut retourner sur PubMed et cocher la sous rubrique «Free Full Text ». J'ai ainsi pu accéder à une revue qui concerne toujours Th17 et plus particulièrement  « Pathology of asthma » comme cela est illustré par la diapositive 33. Cet article écrit par un groupe japonais contient un schéma intéressant (diapositive 34) qui m'a  servi pour un de mes cours en anglais (diapositive 35) ou en français (diapositive 36).
Parmi ces revues en accès libre, il y a toute la série de journaux scientifiques dénommés PLOS qui n'existent qu'en version électronique et dont les facteurs d'impact augmentent progressivement d'année en année. À titre d'exemple, je montre sur la diapositive 37 un article issu PLOS one et la diapositive 38 vous donne le facteur d'impact de ce journal. Parmi les autres journaux d'accès libre en version uniquement électronique, il y a aussi tous les journaux de la série BMC pour BioMed Central. Toujours à titre d'exemple, je montre un article issu de BMC immunology (diapositive 39) alors que la diapositive 40 donne le facteur d'impact de ce journal.
Sixième étape : choisir un article en fonction de la qualité des scientifiques qui l'ont publié … Et peut-être choisir un laboratoire d'accueil
A ce stade de ma présentation, je tiens à nouveau à souligner que les indications que je vous donne ne sont que des suggestions qui n'engagent que moi. Il y a de nombreux critères pour juger de la qualité d'un scientifique ou d'un laboratoire et les publications d'un laboratoire ne sont certainement pas le seul critère à retenir. Parmi les autres critères, je n'en citerai qu’un seul mais d'importance : la qualité des relations humaines à l'intérieur d’un laboratoire ou d'un groupe scientifique. Aujourd'hui, nous nous concentrons sur les publications scientifiques et nous n'utiliserons donc que ce critère pour juger de la qualité d'un scientifique, de son groupe ou de son laboratoire.
Parmi les articles en accès libre sur Th17, j'ai vu dans la base de données PubMed, toujours elle, un article qui m'a intéressé et qui est intitulé « IL-1 and T helper immune responses » (diapositive 41). Cet article publié par un groupe italien de Florence va me servir d'exemple pour évaluer grossièrement la qualité d'un groupe. Cette qualité doit beaucoup au chef de laboratoire et  il est donc intéressant de se faire une idée sur le parcours scientifique de celui-ci. Dans un article, le nom du chef de laboratoire ou du principal investigateur correspond le plus souvent au nom du coauteur placé en dernier dans la liste des coauteurs. Dans l'exemple de l'article choisi, il s'agit de Francesco Annunziato. Je vais donc retourner sur PubMed avec cette fois-ci comme mot-clé « annunziato F ». Première information, ce scientifique a publié 128 articles, ce qui est un bon score. Globalement, un bon scientifique va publier au cours de sa carrière  environ 100 à 200 articles. Là, il faut être très prudent et savoir que ce n'est pas toujours le nombre d'articles qui est important mais davantage leur qualité. À titre d'exemple, lorsque Susumu Tonegawa a eu le prix Nobel de médecine en 1987 à l'âge de 48 ans, il n’avait publié « que » 78 articles mais, à partir de 1978, plusieurs de ses articles ont été publiés dans les revues les plus prestigieuses  comme « Nature » (impact facteur supérieur à 30). Revenons aux publications de Francesco Annunziato et au-delà du nombre, vous savez maintenant juger de la qualité de ses publications. En en parcourant la liste, vous verrez que celui-ci a publié dans d'excellents journaux (diapositive 42 à 47). Petite astuce que je vous donne. Lorsque j'examine les publications d'un chercheur, j'essaie de me faire une idée sur l'âge de celui-ci et sur la longueur de sa carrière. Pour cela, je vais regarder dans PubMed le premier article publié par un auteur. Puisque PubMed classe ces articles par ordre chronologique décroissant, le premier article publié est en fait le dernier de liste. Si l'on prend toujours pour exempte la carrière de Francesco Annunziato, celui-ci a publié son premier article en 1994 (diapositive 49). Si l'on considère qu'un scientifique a une première publication vers 30 ans, Francesco Annunziato devrait avoir aujourd'hui environ 49 ans. De façon intéressante, il faut remarquer que Francesco Annunziato a publié son premier article dans « Science », ce qui est rare et exceptionnel puisque ce journal a un impact facteur supérieur à 30 (diapositive 50). Généralement, un jeune scientifique commence sa carrière en publiant dans des journaux avec un impact facteur beaucoup plus modeste. À titre de comparaison, Susumu Tonegawa qui a pourtant eu un prix Nobel très jeune a publié son premier article dans un journal avec un impact facteur inférieur à 4. Pour en terminer avec l'exemple de Francesco Annunziato, on peut en conclure qu'il s'agit d'un très bon groupe mené par un patron de laboratoire dynamique qui a toujours une bonne production scientifique. Si vous vous aimez son domaine de recherche, son laboratoire pourrait alors vous intéresser comme laboratoire d'accueil. Peut-être avez-vous cependant une autre question : ce laboratoire appartient-il à une bonne université ? Encore quelques minutes de patience et je vais vous apprendre comment évaluer la qualité d'une université. Avant cela, je vais vous donner une autre astuce pour aller directement aux articles les plus importants sur un domaine donné. Pour connaître ces articles il vous suffit d'utiliser le moteur de recherche « Google Scholar » (diapositive 51). Ce moteur de recherche classe les articles correspondants à un domaine donné, par exemple « Th17 », non par ordre de publication chronologique, comme le fait PubMed mais en plaçant en premiers les articles les plus référencés pour aller ensuite par ordre décroissant vers les articles les moins référencés. Pour le domaine « Th17 », l'article placé en premier est « Reciprocal developmental pathways for the generation of pathogenic effector Th17 and regulatory T cells » cité 2465 fois jusqu'en 2012 (diapositive 51) et 3735 fois jusqu'en 2013 (diapositive 52). Cet article est présenté dans les diapositives 53 et 54. Il a été publié par des équipes travaillant à l'université de l'Harvard. Autre avantage de ce moteur de recherche « Google Scholar » , vous avez grâce à lui accès à de nombreux articles en cliquant sur la partie droite de la fenêtre. Ainsi, vous pouvez trouver le texte de la première revue générale que j'avais sélectionnée, « Emerging new roles of Th17 cells », en plaçant directement ce titre dans le moteur de recherche.
Puisque nous avons évoqué précédemment l'université de Florence avec le groupe de Francesco Annunziato et ensuite l'université d'Harvard, il est temps d'aborder une nouvelle étape : le classement des universités.
Sixième étape : le classement des universités
Avoir le classement des universités présente pour vous deux intérêts immédiats. Le premier est de vous aider à juger de la qualité d'un article scientifique. Les meilleures universités accueillent généralement les meilleurs groupes scientifiques qui publient les meilleurs articles. L'appartenance des auteurs d'un article à une bonne université est souvent une marque indirecte de la bonne qualité d'un article. Par ailleurs, dans le choix d'un laboratoire d'accueil, vous avez tout intérêt à aller dans un groupe qui publie de bons articles… Et qui travaille dans une bonne université ! Un des classements des universités les plus connus est le classement de Shanghai et les diapositives 55 et 56 vous conduiront à ce classement. Vous y découvrirez que l'université de l'Harvard est classée à la première place alors que première université française est l'université Pierre et Marie Curie (Paris VI ) classée en 37e position. L'université Paris Descartes est classée entre la 151e et la 200e position alors que l'université de Florence est classée entre la 201e et la 300e position. Un autre classement intéressant est le classement britannique « time higher education » (diapositive 57) et ce site a même une application pour iPhone ou iPad. Enfin de, un autre classement, celui de « top universities » (diapositive 58) a l'avantage de placer les universités par spécialité, par exemple médecine ou pharmacie.

A l'arrivée de ce parcours…

Vous venez de parcourir un long chemin avec plusieurs étapes. J'espère que ce parcours vous aidera à faire une bonne bibliographie ou à choisir le bon laboratoire d'accueil. Il est donc temps de conclure et je vais laisser la parole à Suzumu Tonegawa (diapositive 60). Dans un article que je vous recommande de lire et qui s'intitule «Taking risks to transform science », Suzumu Tonegawa vous invite à vous poser la question : Pourquoi faites-vous de la science ? Pour lui, le but est de découvrir quelque chose, de faire quelque chose d'important (diapositive 61).
Mon équipe de recherche a eu le bonheur de réaliser de petites avancées scientifiques et surtout de transformer ces avancées en des produits utiles aux patients, en l'occurrence des tests sanguins pour la détection et la surveillance de cancers, pour le dépistage de la trisomie 21 ou pour le diagnostic de septicémie. De ce fait, il m’est parfois demandé le chemin que nous avons suivi pour aboutir à ces résultats. M’inspirant d'un article de « Science » intitulé « An algorithm for discovery » (diapositive 62), je donne  un algorithme personnel où la lecture a clairement sa place… encore faut-il lire de la meilleure façon, c'est-à-dire :
Lire, mais pas trop… (diapositive 64)
Bien lire, ce qui veut dire lire les bons articles publiés dans les bonnes revues par les bons scientifiques travaillant dans les meilleures universités (diapositive 65)
Lire avec un esprit ouvert (diapositive 66)

Bonne lecture et, puisque nous sommes le 19 décembre, je vous souhaite de passer d'excellentes fêtes de fin d'année.

Dominique

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